In der ordentlichen Hauptversammlung am 27. Januar 1934 wurden die anwesenden 61 Mitglieder bereits zu Beginn auf die veränderte Lage hingewiesen.

Auszug aus dem Bericht:

„Vor Eintritt in die Tagesordnung spricht der Führer des Vereins über drei kleine stilistische Änderungen der Satzung, die der Polizeipräsident gewünscht hat. Eine davon betrifft den Satz
Im übrigen ist der Führer des Vereins bei seinen Entscheidungen nicht an Mehrheitsbeschlüsse gebunden (§ 13). Das Polizeipräsidium weist darauf hin, dass er etwas im Dritten Reich Selbstverständliches enthalte und mithin wegfallen solle. Es heiße ja auch in § 14 richtig, der Führerrat berate den Vereinsführer, aber nicht er stimme ab."[9]

Zum Tagesordnungspunkt „Namhaftmachung der Mitglieder des Führerrats" befragte Kügler immerhin die erschienenen Mitglieder, ob sie die bisherigen Vorstandsmitglieder auch als Mitglied des Führerrats wünschten. Es gab keine Gegenstimmen.

Mit Jahresbeginn bekamen die bisherigen „Mitteilungen" den Namen „Zeitschrift des Vereins für die Geschichte Berlins". Die Arbeitsbedingungen in den Vereinsräumen im Deutschen Dom verbesserten sich etwas durch die Umstellung der Beleuchtung von Gas auf Elektrizität. Aber die Klagen über Raumnot, Kälte und Feuchtigkeit in den Bibliotheks- und Archivräumen wiederholten sich Jahr für Jahr.

Nur wenige Wochen nach der Hauptversammlung trat der stellvertretende 1. Vorsitzende Pfarrer Paul Torge aus gesundheitlichen Gründen zurück. Hermann Kügler bestimmte daraufhin Eberhard Faden als seinen neuen Stellvertreter. Der Rücktritt von Torge weist auf die Auseinandersetzungen innerhalb der evangelischen Kirche zwischen den Anhängern des Nationalsozialismus, den „Deutschen Christen" und der „Bekennenden Kirche", deren Anhänger vom Grundsatz geleitet waren, vor Gott seien alle Menschen gleich. Als Beispiel für die innerkirchlichen Kämpfe ist das Schicksal des Anfang 1934 durch den Sanitätsrat Lorieson in den Verein eingeführten Pfarrer Eugen Senger Er wirkte als Pfarrer an der Galiläa-Kirche in der Rigaer Straße neben dem zu den Deutschen Christen zählenden R. Weseler und dem neutralen Pfarrer Kröger. Im März beantragten die Deutschen Christen der Gemeinde die Amtsenthebung Sengers wegen „Störung des Friedens in der Kirche, Herabsetzung des nationalsozialistischen Staates, Gehorsamsverweigerung gegen den Herrn Reichsbischof"[10] Nach seiner Zwangsbeurlaubung setzte Senger jedoch seine Arbeit in einem „Arbeitslosenladen" fort und konnte erst ab dem Dez. 1934 wieder in der Galiläa-Kirche predigen, trotz Schikanen durch seine Gegner und die Gestapo. Das ist schon erstaunlich, hatte ihn doch der Rektor der 3. Volksschule wegen seiner Ansprache zur Schulreformationsfeier am 31. Oktober 1933 mit der Aussage denunziert: „Seine Rede war nach meiner Ansicht eine offene Kampfansage gegen den heutigen Staat.". Auch später beklagte Senger die Rassenideologie und den Irrgeist der Zeit und kam mehrfach in Haft. Seine Mitgliedschaft im Verein war bereits vor 1938 beendet. Senger wurde 1944 zur Wehrmacht eingezogen und starb 1945 in einem Kriegsgefangenenlager.

In der Dreifaltigkeitskirche in Berlin-Mitte, Mauer- Ecke Mohrenstraße, konnten die Vereinsmitglieder Pfarrer Ernst Bronisch-Holtze und der Architekt Prof. Werner March als Patronatsältester im Gemeindekirchenrat zusammen mit dem Kunsthändler Theodor Bauer den Einfluss der Deutschen Christen begrenzen. Bronisch-Holtze wurde 1942 Superintendent, kam aber durch die Denunziation seiner Adoptivtochter wegen des Abhörens eines „feindlichen Senders" zusammen mit seiner Ehefrau in Haft, wo er im Juli 1944 verstarb. Seine Ehefrau verübte nach der Haftentlassung Selbstmord.[11] March war als Ordinarius für Städtebau an der Technischen Universität Berlin und als Architekt des Olympiastadions eine einflussreiche Person und enger Vertrauter Bronisch-Holtzes, der nicht zuletzt auch als Studentenpfarrer positiv wirkte.

In der Domsitzung des Vereins am 5. Mai 1934 verbreitete sich Faden über das Thema Rasse und Volkstum im Berlin des 16. und 17. Jahrhunderts. Ein Bericht über den Vortrag endete wie folgt: „Der Abend bewies, wie in der Arbeit des Vereins die Fragen nach Blut und Boden mit voller Aufgeschlossenheit für die Bedeutung dieser Dinge, aber auch mit der ernsten wissenschaftlichen Besonnenheit, die ihnen gebührt, behandelt werden.".[12]

Das Jahr 1934 markierte auch das Ende des Ullstein-Verlages. Bereits 1933 war der Teilhaber Louis Ullstein (Mitglied seit 1914), gestorben. Franz, Hans und Rudolf Ullstein, ebenfalls Vereinsmitglieder, mussten am 31 März 1934 die Vossische Zeitung einstellen. Kurz danach erfolgte der Zwangsverkauf des Verlages für sechs Millionen Mark an eine vom NS-Regime beherrschte GmbH. Der Seniorchef des Verlages, Hans Ullstein verstarb im Folgejahr, der ehemalige Leiter der Abteilung Tageszeitungen, Franz Ullstein konnte 1938 in die USA emigrieren und starb 1945 in New York Der technische Betriebsdirektor Rudolf Ullstein ging 1939 nach England und kehrte nach einem Zwischenaufenthalt in den USA von 1945 bis 1949 nach Berlin zurück. Hier war er von 1952 bis 1960 Aufsichtsratsvorsitzender der neugegründeten Ullstein AG, er verstarb 1964.

Der Vereinsschriftleiter Ernst Kaeber bereitete ab 1934 als Stadtarchivdirektor die Festschrift für das Stadtjubiläum 1937 vor. Unter Hinweis auf seine „nichtarische" Ehefrau wurde er jedoch gezwungen, Mitautoren zu suchen und sich selbst auf den Zeitraum von 1618 – 1806 zu beschränken. Später wurde auch dieser Beitrag abgelehnt mit der Begründung, man könne dem Führer kein Werk überreichen, an dem Kaeber mitgewirkt habe. Seine Abhandlung wurde erst 1962 veröffentlicht.[13]
Nach den Protokollen Nr. 3. und 4 der „Führerratssitzungen" schmolz der Mitgliederbestand Anfang Dezember 1934 durch zahlreiche Austritte auf 450 Personen. Neues Mitglied wurde der Stadtsekretär Gustav Büchsenschütz, Schöpfer des bekannten Liedes „Märkische Heide".. Büchsenschütz starb 1996 als pensionierter Stadtamtmann.

Auch der Pfarrer Otto Widdel aus Rädel trat dem Verein bei. Er hatte während seines Theologiestudiums Vorlesungen zur Vor- und Frühgeschichte besucht und unternahm mehrere Ausgrabungen. Die Funden gelangten teilweise in das Heimatmuseum Lehnin. Widdel, seit 1933 Mitglied der NSDAP, schlug in seinen Vorträgen beim Märkischen Heimatbund stark nationalistische und rassistische Töne an.