Aufgrund des Krieges wurde die Vereinsarbeit eingeschränkt. Zur Hauptversammlung am 13. Januar erschienen nur 32 Mitglieder und die Feier zum 75jährigen Bestehen des Vereins wurde abgesagt. In der „festen Zuversicht auf Deutschlands Sieg unter Adolf Hitlers Führung" gedachte Hermann Kügler der zum Heeresdienst eingezogenen Mitglieder und schloss bereits nach 35 Minuten die Zusammenkunft.
Am 8. Februar 1940 starb der Schriftsteller und Journalist Hans Ostwald (Mitglied mit Unterbrechungen seit 1910). Aufgrund seiner Publikationen zählte er seinerzeit zu den wichtigsten populärwissenschaftlichen Kulturhistorikern der Stadt. Im Beiblatt zur Zeitschrift des Vereins für die Geschichte Berlins mehrten sich die Soldatengrüße von Mitgliedern aus dem Feld, und im August begannen die ersten Bombenangriffe auf die Stadt.
Der Vereinsbibliothekar Hasselberg lag mit erfrorenen Händen und Füßen im Krankenhaus und die unbeheizte Bibliothek blieb bei anhaltender Kälte geschlossen. Für die öffentlichen Vorträge konnte der Gemeindesaal der Parochialkirche gewonnen werden.
Der Verein trauerte um sein Ehrenmitglied Willibald E. Meyer (Mitglied seit 1908), der sich als Archivar des Vereins und umtriebiger Organisator von Veranstaltungen hervorgetan hatte.
Das Mitglied Helmut Spaeth beging sein 220. Firmenjubiläum. Der bedeutende Gartenbaubetrieb in Berlin-Baumschulenweg gehörte zu den ältesten Unternehmen der Stadt. Spaeth hatte den Betrieb in der sechsten Familiengeneration 1912 übernommen und mit dem Gut Ketzin auch neue Baumschulen außerhalb der Stadt eingerichtet. Im Mai 1933 trat er der NSDAP bei. Die Firma profitierte durch Aufträge im Zusammenhang mit dem Bau von Reichsautobahnen, Sportstadien und Flugplätzen. Helmut Spaeth beschäftigte von 1922 – 1933 den jüdischen Universitätsprofessor Werner Magnus als Generalbevollmächtigten und soll ihm bis zu dessen Tod im Jahre 1940 freundschaftlich verbunden gewesen sein. Spaeth behandelte seine „nichtarischen" Arbeitskräfte gut und wurde kurz vor Kriegsende unter dem Vorwurf „versteckter Hetz- und Wühlarbeit" verhaftet und wegen „Kriegswirtschaftsvergehen" zu einem Jahr Haft verurteilt. Er wurdc im Konzentrationslager Sachsenhausen am 15. Februar 1945 ermordet.
Unter den neuen Mitgliedern von 1940 findet man den Brauereibesitzer Hermann Bötzow und den als Grabstättenforscher bekannten kaufmännischen Angestellten Willi Wohlberedt.
Als Heft 58 der Schriften und zugleich als Festschrift zum 75jährigen Bestehen des Vereins erschienen die „Bilder aus der Berliner Feldmark" von Hans Jahn. Der Schwerpunkt lag hier bei der Würdigung von Archivmaterial über Wedding und Boxhagen . Mit nur noch fünf öffentlichen Vorträgen und neun Treffen in geschlossenem Kreis waren die Vereinsaktivitäten deutlich eingeschränkt. Die mit ca. 9.000 Werken ausgestattete Bibliothek war zeitweise geschlossen, die Ausleihe stark gesunken, das Archiv in den ungeheizten und schlecht belüfteten Räumen war wenig einladend. Man begann, wichtige Akten und einige Kostbarkeiten anderweitig unterzubringen. Darunter war auch die 1940 durch Tausch erlangte Ehrenurkunde des Vereins für Theodor Fontane.
