Nur wenige Tage vor der Kapitulation der 6. Armee in Stalingrad kamen am 23. Januar bei einer Mitgliederzahl von 495 Personen 39 Mitglieder zur jährlichen Hauptversammlung zusammen. Dr. Schuster schlug wegen der ständigen Luftangriffe vor, außer den bisher gegen Bombengefahr gesichert untergebrachten wertvollen Archivalien und Büchern weitere Bestände in Sicherheit zu bringen. Im Februar erschien mit der Nr. 1/1943 wegen Papiermangels die letzte Ausgabe der Vereinszeitschrift. Die Tradition sollte erst 1965 wieder aufgenommen werden. Mario Krammer nahm sich in einer Domsitzung des aktuellen Themas „Berlin in der Kriegsgeschichte des Mittelalters und der Neuzeit" an. Der gerade in den Verein eingetretene bekannte Potsdamer Verleger August Bonness kam Ende August wegen politischer Äußerungen in Haft. Dem Todesurteil am 15. Februar 1944 wegen „defaitistischer Umtriebe, royalistischer Begünstigung und Zersetzung der Wehrmacht" folgte nach Ablehnung eines Gnadengesuchs im Dezember 1944 die Hinrichtung im Zuchthaus Brandenburg.[31]
Agnes Wendland, Ehefrau des Mitgliedes Walter Wendland (Pfarrer der Gethsemane-Gemeinde Prenzlauer Berg und Empfänger der bronzenen Fidicin-Medaille 1938), half zusammen mit ihren Töchtern im Untergrund lebenden Juden. Sie nahmen im Okt. 1943 den 1926 geborenen Ralph Neumann in ihren Haushalt auf. Nach Neumanns Verhaftung im Februar 1945 kam auch Agnes Wendland in Gestapo-Haft, das bevorstehende Kriegsende führte aber schon im März zu einer Entlassung und auch Ralph Neumann gelang während eines Luftangriffs die Flucht aus dem Sammellager für verhaftete Juden in der Iranischen Straße.[32]
Ende August 1943 musste der Vorsitzende Hermann Kügler seiner nach Lötzen in Ostpreußen verlagerten Schule nachfolgen und übergab Dr. Faden die Veranstaltungsleitung in Berlin. Der Vereinsbibliothekar Hasselberg arbeitete nunmehr als Mitarbeiter der ausgelagerten Autographenhandlung Stargardt in Schippenbeil/ Ostpreußen. Bibliothek und Archiv des Vereins blieben geschlossen. In den letzten beiden Domsitzungen am 23. Oktober. und 20. November. referierte Faden in zwei Teilen über das Soldatentum der Berliner.Danach stand in der Nacht des 23. November der Deutsche Dom nach einem schweren Bombenangriff in Flammen. Die Situation nach einem weiteren Bombardement schilderte das Mitglied Kurt Fischer, Schriftleiter des Steglitzer Anzeiger, in einem Brief an Karl Locht:
„[...]übrigens besteht unser kleines Domzimmer auch nicht mehr. Etwa 15 m vor seinen Außenfenstern ist am 2. Dez. eine schwere Bombe niedergegangen, die den ganzen Deutschen Dom geradezu grausam verwandelt hat. Zwar steht er noch, aber es scheint Einsturzgefahr zu bestehen. Dennoch bin ich bis ans Fenster durch die Trümmer vorgedrungen und sah die Verwüstungen in unserem Versammlungsraum. Seltsamerweise sind aber die Bilder mit den Ansichten der Alten Linden, die wie ein Fries um das Zimmer liefen, unversehrt geblieben, ebenfalls auch die Darstellung der Fidicin-Medaille oben an der Decke. Ein Teil der Bücher unserer Bibliothek stand noch in den Regalen, allerdings fürchterlich verstaubt und verdreckt. Ich denke aber, dass unser Vorsitzender Kügler mit seiner allbekannten Tatkraft schon das Nötige tun wird, um die kostbaren Bestände zu retten.."[33]
In der Tat gelang es den Mitgliedern Lessing und Sachse Teilbestände zu bergen. Sie wurden dafür 1944 mit der Fidicin-Medaille geehrt. Mit der Nr. 3/1943 erschien auch das letzte Beiblatt des Vereins, ausgegeben am 7. Januar 1944. Als neuer Ort für die traditionelle Weihnachtssitzung diente das Restaurant Landré, Neue Friedrichstr. 83 A in der Nähe des U-Bahnhofs Klosterstraße. In dem Haus war vorher zeitweise das Museum für den Bildhauer Rauch untergebracht.
